廈門市兒童醫院(復旦大學附屬兒科醫院廈門醫院）于2014年6月1日開業，在復旦大學附屬兒科醫院的引領下，目前已開放編制床位500張，開設新生兒醫學、兒童重癥醫學等41個臨床醫技科室，完成內外科二級分科（內科有呼吸、消化等13個二級專業，外科有新生兒外科、心血管外科等7個二級專業），成為閩西南第一家達到國際新生兒救治評價體系的最高等級標準三級C。獲批廈門市新生兒質量控制中心、廈門市新生兒疾病重點實驗室、廈門市新生兒先天性心臟病篩查管理單位、廈門市早產兒救治優勢亞?？平ㄔO單位、廈門市新生兒危重癥救治重點?？?、國家衛健委出生缺陷定點救治單位、全國兒童惡性腫瘤（實體腫瘤）診療協作組牽頭單位、罕見病診療協作網醫院、新生兒神經重癥醫學專項技術教學培訓基地等。
醫院與上?？傇簩嵭衅放?、管理和技術的平移。醫院設黃國英名醫工作室、周文浩名醫工作室、鄭珊名醫工作室，和曹云、董巋然、黃瑛三位特聘主任，以及33位相關專業學科帶頭人擔任的學術主任，各項高難度業務相繼開展，已接受廈門市及周邊地區46家醫院轉診危重癥患兒萬余名，已累計提供300余萬人次的門急診服務和10余萬人次的住院服務，成為福建省有重要影響力的兒童?？漆t院。
艾力彼醫院管理研究中心發布《2020年中國醫院競爭力報告》中，我院排名34名，再次進入 2020年全國兒童醫院50強 并位居福建兒科類（兒童?？漆t院、婦幼保健院兒科）首位。
2019年8月，廈門市衛健委與復旦大學附屬兒科醫院簽訂第二輪（2019年-2025年）托管協議，以建設國家區域醫療中心為戰略目標。2021年6月醫院獲批第二批國家兒童區域醫療中心試點項目單位。
2022年1月8日，建筑面積為26699平米的國家兒童區域醫療中心重要配套項目—科研教學樓正式開工建設，預計2024年初竣工。
